「2018 國際癌症蛋白基因體聯盟研討會」會議紀實
「2018 國際癌症蛋白基因體聯盟研討會」會議紀實
生化分生科 余兆松教授
國際癌症蛋白基因體聯盟（International Cancer Proteogenome Consortium, ICPC）是由美國國家癌症研究所（National Cancer Institute, NCI）為推動「癌症登月計畫」，於 2016 年 9 月主導成立的跨國合作研究組織，成員包括來自 12 個國家（美國、加拿大、德國、澳洲、中國、日本、南韓、瑞典、瑞士、台灣、印度及英國）的 31 個學研機構。本校分子醫學研究中心受邀代表長庚大學於 2016 年 9 月加入 ICPC，成為這一世界級研究團隊的創始成員。每個成員機構選定其重點研究之癌症種類（一至數種），共同以嶄新的「蛋白基因體（proteogenomics）」策略進行大規模癌症病人樣本分析，希望獲得每一位癌症病患完整基因變異與其可能導致的蛋白質體變異的資料，探討多種癌症的發生機制與檢測及治療的線索。
ICPC國際合作團隊先前已召開過兩次團隊成員會議，今年的團隊會議選擇在第十七屆人類蛋白質體學年會（HUPO2018）會議前一天（9/29）於美國佛羅里達州奧蘭多召開，本校包括張玉生教授及筆者共有七位教師、研究員與博士後與會討論。長庚大學規劃以國人重大癌症如口腔癌、大腸癌等執行蛋白基因體的研究，分析大量癌症病人樣本，除為人類對抗癌症盡一份心力，也將為台灣提供防治重要癌症的線索，加速提供國人精準醫療的新方針。
此次共有十個國家團隊成員與會（中國及英國團隊不克參加），美方代表 Dr. Henry Rodriguez 首先扼要說明上次都伯林會議迄今的 ICPC 重要進展（包括 2017/9 長庚大學口腔癌研究工作發表於 Nature Communications 並公開口腔癌蛋白體與基因體的資料）及本次會議所要討論的重點與具體目標，同時討論 ICPC 團隊共同發表一指標性研究報告。接著由 Dr. Chris Kinsinger（美國National Cancer Institute）， Dr. Ratna Thangudu（美國ESAC Inc.生物科技公司）及 Dr. Mike MacCoss （美國University of Washington）說明未來 ICPC 團隊大數據（包括基因體與蛋白體數據）如何整合分析並公開分享的規劃，重點在於所有數據將上傳至美國National Cancer Institute 的CPTAC（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）Data Portal 進行整合分析（由CTPAC Data Coordination Center生資分析團隊負責運作），其中由不同團隊利用不同質譜儀器所生產的蛋白體數據，將由Dr. Mike MacCoss 所開發的分析流程設法加以整合分析比較。
接著，各國研究團隊代表輪流說明各團隊的規劃現況與實驗進度，包括最近才加入的印度團隊（聚焦乳癌、子宮頸癌與口腔癌）。長庚大學團隊由筆者代表說明針對國人口腔癌執行基因體蛋白質體策略分析的具體規劃與目前實驗進展。之後，陳玉如研究員（台灣中研院）與 Dr. Mike MacCoss提出在蛋白體實驗樣本分析流程中加入適當“標準品”，用來相互比較不同 ICPC 團隊所生產的大量數據的可能性，特別是當不同 ICPC 團隊分析同一類腫瘤組織樣本的情況下，將可輕易整合這些數據，提供同一類腫瘤跨人種之間的系統性比較分析。最後則為討論 ICPC 團隊共同發表一指標性研究報告的可能性，希望透過此一論文發表讓科學界瞭解 ICPC 團隊的成員任務、研究目標、具體執行策略與未來研究成果的全球影響性與重要性。
整體來說，此一會議進一步確認了各研究團隊未來進行的方向與實驗主軸，讓 ICPC 團隊成員瞭解不同團隊目前的實驗進展與數據分析策略，並開始考慮未來各國團隊實驗數據如何比較分析的可行作法。我們也充分把握此次機會，與印度團隊代表 Dr. Sanjeeva Srivastava 討論並獲得正面回應，雙方同意儘快進行口腔癌研究合作，包括互相驗證各自發現的口腔癌生物標記、分享口腔癌蛋白基因體分析實驗經驗與設法比較分析台灣與印度口腔癌的蛋白基因體異同之處，這是長庚大學團隊參與此次會議的重要收穫之一。